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경제 · 금융경제동향
[단독] ‘수익 0’ 민간연구소 100억 내야...“세법에 문닫을 판”

[세법 개정에 떠는 기업硏]

공익법인 임직원 고용조항 개정에

지출한 임금 등 가산세로 납부해야

포스코측 "문 닫을판" 정부에 SOS

기재부 "추가검토 필요" 입장 유보





세법 개정으로 포스코의 연구 법인이 100억 원가량의 세금을 추가로 내야 할 것으로 알려졌다. 연구소는 자체 수익이 전무한 상황에서 세금 납부 시 운영 자체가 불가능하다며 정부에 세법 수정을 건의했다. 정부는 연구소가 감당하기 어려운 수준의 세 부담을 질 수 있다고 보면서도 특정 법인에 대한 지원으로 비칠 수 있는 만큼 조심스러운 입장이다.



지난 23일 관계 부처와 업계에 따르면 포항산업과학연구원(RIST)은 최근 기획재정부 등에 세법 개정안 시행령 수정을 건의했다. 올 초 개정된 상속세 및 증여세 시행령 중 ‘특수 관계인의 공익 법인 임직원 고용 조항’에 따라 추가로 내야 할 세금이 과하다는 게 요지다. RIST는 포스코의 연구개발(R&D) 업무를 도맡아온 공익 연구 법인으로 포스코가 1987년 100% 출자해 설립했다.

기존 시행령에서 공익 법인은 출자 법인 출신의 임직원을 채용할 경우 공익 법인이 해당 인원에게 지불한 직간접 경비 전액을 가산세로 납부해야 한다. 일반 기업이 별도의 공익 법인을 세운 뒤 자사 임직원을 배치해 세제 혜택을 받는 꼼수를 막기 위한 조치다. 다만 본사에서 부속 연구소 등으로 자리를 옮긴 연구원의 경우 세금 탈루를 목적으로 자리를 옮겼다고 보기 어려운 만큼 과세 당국은 연구 법인에 대해서는 별도로 과세를 하지 않았다. 국내 연구 법인의 한 관계자는 “새로운 기술을 개발하는 과정에서 기업체와 연구 기관 간 인력 교류는 불가피하다”며 “세법을 엄격히 적용하면 연구 법인이 지출한 경비도 과세 대상이지만 현실을 고려해 관행적으로 넘어간 측면이 있다”고 말했다.



문제는 기재부가 이번 세법 개정안을 통해 ‘개정 이후 연구개발 전담 연구원을 가산세 부과 대상에서 제외한다’고 명시하면서 발생했다. 예외 대상이 명확히 규정되면서 세법 개정 전 연구 법인이 지급했던 경비는 과세 대상임이 분명해진 것이다.

이에 따라 RIST는 지금껏 포스코 출신 임직원에게 지출했던 임금 등 100억 원가량을 가산세로 납부해야 한다. RIST 측은 과세 금액이 수익이 없는 연구 기관으로서 감당하기 어려운 수준이라고 호소했다. 실제 RIST의 지난해 사업 비용은 1,157억 원인데 사업 수익은 1,072억 원에 그쳐 85억 원의 손실을 냈다. RIST는 “추가 세금을 납부하면 연구소 문을 닫아야 할 수 있다”는 입장을 기재부에 거듭 전한 것으로 알려졌다. 기재부 역시 RIST가 과세 금액을 부담하기 어렵다는 점은 인지하고 있지만 시행령을 수정하는 데 추가 검토가 필요하다고 밝혔다. 연구원을 가산세 부과 예외 대상으로 인정하는 것과 별개로 그간 지출한 경비까지 예외로 두는 게 적절한지 따져봐야 한다는 것이다. 개정 시 자칫 특정 법인에 대한 지원으로 비칠 수 있는 점도 고민거리다.

이번 시행령 개정 이후에 RIST와 같이 과중한 세 부담을 지게 된 연구 기관이 더 있을 것이라는 예상도 나온다. 기재부 내부에서는 연구 기관의 부담을 덜어주려는 개정 취지와 전혀 다른 일이 벌어진 데 당황하고 있다. 국내 연구 법인의 한 관계자는 “연구소를 가산세 예외 대상으로 분류한 시행령 도입 취지를 감안하면 소급 적용이 문제 될 소지는 크지 않아 보인다”고 했다.
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